某个工业区陆陆续续出现怪兽？！弦人队长率领SKaRD进行迎击，打倒了接二连三出现的怪兽。SKaRD认为此事与正在进行怪兽残骸处理和研究的化学企业「内克洛马斯公司」有某种关系，SKaRD便找到该公司的最高运营者、同时也是世界首屈一指的化学家的真伏一郎博士进行调查。 内克洛马斯公司的研究所正在开发能够实现长生不老的物质「达姆多可辛」，据说即将完成。在这样的情况下，突然出现了自称「宇宙霸者」的神秘宇宙人「达姆诺星人」！并且，从被破坏的容器中泄露出来的达姆多可辛物质吞噬了研究所的怪兽样本，诞生了可怕的巨大怪兽——妖骸魔兽贡基尔刚。以日本的首都为舞台，布莱泽奥特曼以及SKaRD与大怪兽壮烈的大碰撞帷幕即将拉开！